成立1961年7月15日，为了满足佛罗里达州南部蓬勃发展的教育需求，州议会通过法案授权在博卡拉顿市成立一所新的大学。佛罗里达大西洋大学是在一个博卡拉顿20世纪40年代一个美国陆军飞行基地上建设起来的。该基地曾于第二次世界大战期间由美国陆军航空队使用，是当时该部队唯一的雷达训练设施。基地建在已有的博卡拉顿机场和相邻的23.7平方公里土地上。这些土地大部分是从大和殖民地失败后的日裔农民手中通过征收等方式获得的，许多在二战初期失去土地的日裔美国人对此也几乎没有什么追索权。

博卡拉顿空军基地原本的用途主要是雷达训练，沿海岸线进行反潜艇巡逻，而且还是飞机通过南美洲飞往非洲和欧洲的一个停留点。这里拥有1.6万人的兵力和1200名平民工人。机场由四条跑道组成，每条长1580米，其中三条跑道组成一个三角形，另外一条则将三角形平分。这些跑道如今在博卡拉顿校园内仍然清晰可见并主要用作停车场。战争期间，该机场一度增加到拥有800多幢楼宇，入住超过10万名飞行员，其中还包括那些登上艾诺拉·盖号轰炸机在广岛投下一颗原子弹的飞行员。随着战争的结束，博卡拉顿陆军机场的使用率也相应下降。到1945年底，整个基地仅有约100架飞机驻扎。

1947年初，军方决定将以后的雷达训练转移到密西西比州的基斯勒空军基地进行。1947年9月17日，劳德代尔堡飓风袭击佛罗里达州南部地区，军方决定于是得到了最终确定。据历史学家唐纳德·库尔（Donald Curl）所说，“1947年的风暴对基地匆忙建成的框架结构造成了广泛的破坏，还导致了洪水泛滥”。在这样的情况下，美国空军比原计划提前放弃了这个基地。

1947年空军的撤离让博卡拉顿陆军机场已经基本荒废。曾在这一期间造访机场的历史学家罗杰·米勒（Roger Miller）描述基地只有“一间小办公室检查人员进出，一个日益恶化的空旷食堂，还有20来幢二战时期的老式木制建筑”。

扩张与增长

佛罗里达大西洋大学于1964年9月14日首度开学，第一批学生一共是867人，入读校内5个不同的学院。学校授予的第一个学位是1964年10月25日开学典礼上授予第36任美国总统林登·B·约翰逊的名誉博士学位，他也亲自到场并正式宣布大学开放。这个时候，大学一共有350名雇员，其中120名是教员。1965年9月正式落成的阿冈昆馆则是校园内的首幢学生公寓。

随着校园周边区域人口的增长，佛罗里达大西洋也在不断地扩张。大学原本只接收高年级学生和研究生，因为佛罗里达州政府原本只打算让这所学府“与州内的社区大学系统形成互补，接收那些已经从其他大学中获得了副学士学位的学生”。

1971年，佛罗里达大西洋大学在劳德代尔堡商业大道建成的新校园正式开学，学校也扩张成为了拥有多个校园的分布型大学。由于佛罗里达州南部人口的迅猛增长，1984年，佛罗里达大西洋又跨出了扩张的一大步，向低年级本科生敞开了大门。一年后，大学又在劳德代尔堡市中心的拉斯·欧拉斯大道开放了第三个校园。

近期历史

1989年，面对佛罗里达州南部地区增长的高等教育需求，州议会指定佛罗里达大西洋大学作为布劳沃德县的引领州立大学。为了满足这一需要，大学于1990年在布劳沃德县西部的戴维市开办了一个新校园，又于1997年在达尼亚滩新建了另一个校园。学校还于1994年在亚卢西亚县购买了0.2平方公里土地建立又一个新校园。1999年，大学位于朱庇特的约翰·D·麦克阿瑟校园开学，这里也是大学荣誉学院的所在地。

2004年，佛罗里达大西洋大学与迈阿密大学下属的伦纳德·米勒医学院在查尔斯·E·施密斯生物科学学院建立了医学培训课程。大学原计划建造一所新的教学医院来与主校园的博卡拉顿地区医院配合运作，但由于2007年财政预算出现赤字，医院的建设被无限制推迟。不过到了2010年，佛罗里达大西洋建立了自己的医学院。2007年，海港分支海洋学研究所（Harbor Branch Oceanographic Institution，简称HBOI）也与大学合并，成为佛罗里达大西洋的第七个校园，为此佛罗里达州议会拨款4400万美元给大学来收购这家研究所。

自1964年开办以来，佛罗里达大西洋大学已经发生了巨大的变化。2010年，有约28000名学子在横跨193公里分布的七个校园上课。大学由10个学院组成，拥有超过3200名教师和工作人员。由于经济恶化，大学获得的捐赠金额从2008年6月的1.82亿美元下滑到了2009年1月的1.42亿美元。

自成立以来，大学已经有过7位校长。第7位校长玛丽·珍·桑德斯博士于2010年3月3日上任，2013年5月15日辞职。她之前的一任校长是曾担任佛罗里达州副州长的弗兰克·布罗刚，他于2009年末成为佛罗里达州立大学系统的校监。之前的大学校长还包括安东尼·卡坦尼斯博士，海伦·帕普维奇博士（Dr. Helen Popovich）、格伦伍德·克里奇博士（Dr. Glenwood Creech）和肯尼斯·拉斯特·威廉斯博士（Dr. Kenneth Rast Williams）等。